Desde diciembre de 2010, funciona en la casona de Moreno y Córdoba, que fuera sede del Comando del II Cuerpo de Ejército. Durante los años de la dictadura (1976-1983) fue el centro donde se diseñó –en colaboración con la Policía provincial– el plan de persecución y exterminio que se desplegó sobre las seis provincias de la región litoral argentina. Asimismo, se convirtió en el sitio principal al que concurrían familiares de detenidos-desaparecidos en su búsqueda de respuestas acerca del paradero de sus seres queridos. En 2011, la ley nacional N° 26.691, también conocida como Ley de Preservación, Señalización y Difusión de Sitios de Memoria del Terrorismo de Estado, lo incorporó como Sitio de Memoria del Terrorismo de Estado y en 2015 fue reconocido como Lugar Histórico Nacional a través del Decreto 379/2015.

El edificio, originalmente denominado “Casa de los Padres”, fue proyectado por el arquitecto Ermette De Lorenzi y construido por el ingeniero José Spirandelli en 1928 con el propósito de servir de residencia familiar. Hacia fines de la década del 40, pasó a tener diferentes usos y finalmente se convirtió en la sede del poder militar regional, instalándose el Comando del II Cuerpo de Ejército hasta 1983. A partir de la recuperación de la democracia, el edificio tuvo diferentes usos y vicisitudes: estuvo próximo a la demolición, fue utilizado con fines gubernamentales, luego con fines comerciales, y finalmente en marzo de 2010, la provincia de Santa Fe decide expropiar el edificio para que sirva de sede definitiva del Museo de la Memoria.